空气经空压机压缩后，经过除尘、过滤、干燥后，进入空气储罐，经过空气进气阀、A吸进气阀进入A吸附塔，塔压力升高，压缩空气中的氧分子被碳分子筛吸附，未吸附的氮气穿过吸附床，经过A吸出气阀进入氮气储罐，这个过程称之为A吸，持续时间为几十秒。同时B吸附塔中碳分子筛吸附的氧气通过B排气阀降压释放回大气当中，此过程称之为B解吸。
A吸过程结束后，A吸附塔与B吸附塔通过上、下均压阀连通，使两塔压力达到均衡，这个过程称之为均压，持续时间为2~3秒。均压结束后，压缩空气经过B吸进气阀进入B吸附塔，压缩空气中的氧分子被碳分子筛吸附，富集的氮气经过B出气阀进入氮气储罐，这个过程称之为B吸，持续时间为几十秒,A塔同时也在解吸。
为使分子筛中降压释放出的氧气完全排放到大气中，氮气通过一个常开的反吹阀吹扫正在解吸的吸附塔，把塔内的氧气吹出吸附塔。这个过程称之为反吹，它与解吸是同时进行的。
上海制氮机厂家过程与装备研究所的制氮机的工作流程是由编程控制器的，先控制电磁阀，再由电磁阀分别控制A、B两塔八个气动管道阀的开关。电磁阀时间流程已经存储在可编程控制器中。
